海南-东盟科技合作平台由海南省科技厅建议、外交部批准，建立于2003年，海洋学院是依托单位之一，主要合作的东盟国家有新加坡、马来西亚、泰国、菲律宾、印度尼西亚、越南等国。

“海南－东盟热带海洋生物科技合作基地”主要依托海洋学院水产养殖重点学科、海南省热带水生生物技术重点实验室、热带生物资源教育部重点实验室等科研平台与东盟国家开展鱼病防治及水产养殖技术合作，尤其是与泰国建立了长期合作关系，开展了“中泰草药提取免疫刺激剂及其功能机制研究”等科技合作项目。